Margrethekirkens orgel er en gave fra Augustinus Fonden. Vi er meget taknemmelige for gaven, der er et stort digitalt orgel med 36 orgelstemmer samt 40 solostemmer.
Kirkens organist er Richard Bartrum. Han er født i England og uddannet som organist på konservatoriet i Toronto, Canada. Han er desuden leder af orkestret Camerata Barroca.